Henry Dunant dilahirkan Geneva, Switzerland. Bapanya ahli perniagaan Jean-Jacques Dunant dan ibunya Antoinette Dunant-Colladon. Keluarganya penganut Kristian aliran Calvinisme dan merupakan keluarga elit di Geneva. Ibu bapanya merupakan aktivis sosial, banyak meluangkan masa membantu anak-anak yatim dan anak mangsa perceraian. Ibunya bekerja di rumah sakit dan biasa membantu mereka yang miskin.

Sejak 1836 Henry Dunant sering mengikuti ibu bapanya membuat kerja-kerja kebajikan di sebuah penjara Toulon, Switzerland.

Pada 1846 Henry Dunant melihat sendiri pemberontakan dan menyertai Persatuan Geneva untuk Alm. Kemudian bersama rakan-rakan telah menubuhkan dan pengasas 'Thursday Association' iaitu satu pasukan muzik untuk mengkaji kitab Bible dan membantu mereka yang menderita. Dia melapangkan masa untuk melawat banduan di penjara dan pelbagai kerja sukarela lain.

Pada 30 November 1852 Henry Dunant telah mengasaskan Persatuan Pemuda Kristian (Young Men's Christian Association / YMCA) cawangan Geneva. Tiga tahun kemudian Henry terlibat dalam mesyuarat di Perancis untuk mengasaskan pertubuhan antarabangsa tersebut.

Pada 1952 Henry Dunant tersingkir dari Kolej Calvin kerana markah peperiksaan amat rendah. Dia kemudian bekerja dengan syarikat pengurup wang Lullin und Sautter.